곰팡이가 핀 감귤은 통째로 버려야 한다. 곰팡이가 일부는 물론 과피에만 폈어도 이미 과육 속에 침투해 있을 가능성이 크기 때문이다.

감귤에 자주 피는 곰팡이는 녹색곰팡이, 청색곰팡이, 후사리움 등으로 사람에게 두드러기, 발진 등 알레르기를 일으킬 수 있다. 감귤에 곰팡이가 조금이라도 폈다면, 핀 부분만이 아니라 통째로 버리는 것이 좋다. 눈에 보이는 곰팡이는 일부분에 불과하더라도 감귤처럼 무르고 수분이 많은 과일에는 곰팡이가 깊숙이 침투해 있을 위험이 크기 때문이다. 눈에 보이진 않지만, 수확하고 이동하는 과정에서 귤엔 크고 작은 상처가 생길 수밖에 없다. 귤껍질에 핀 곰팡이는 상처를 통해 귤 속으로 침투하게 된다.

감귤이 핀 곰팡이는 포자로 이동하기 때문에 옆에 있는 다른 귤에도 곰팡이가 필 수 있다. 따라서 곰팡이가 핀 걸 발견한 즉시 주변 곰팡이가 피지 않은 나머지 감귤은 골라내, 깨끗이 세척한 뒤 물기를 닦아내는 것이 좋다.

곰팡이가 피지 않게 보관하려면 사자마자 먼저 귤껍질을 세척해야 한다. 아직 발아하지 않은 곰팡이 포자와 농약성분을 제거할 수 있다. 귤을 세척할 때는 소금물이나 베이킹소다를 녹인 물에 약 10분 정도 담갔다가 흐르는 깨끗한 물에 여러 번 헹궈주면 된다. 이후 수분을 잘 닦아 박스에 신문지를 깔고 그 위에 보관하면 좀 더 싱싱하게 오랫동안 귤을 보관할 수 있다. 신문지는 습기를 잡아주는 역할을 한다. 저장온도는 3~4도, 습도는 85~90%를 유지하는 것이 좋다. 온도가 높으면 과일 호흡량이 커져 저장성이 떨어지고, 습도가 낮으면 수분 손실이 일어나 신선도가 떨어진다. 1도 이하에서는 냉해를 입기 쉬워 주의한다. 밀봉 보관은 피한다. 공기 흐름이 차단되면서 생성되는 알코올로 이상한 냄새가 날 수 있다.